خلاصه داستان فیلم درخت گردو در واقع در سه بازه زمانی مختلف در سال‌ های ۱۳۶۶، ۱۳۸۴ و ۱۳۹۵ اتفاق می افتد، موضوع فیلم درخت گردو بر گرفته از داستان واقعی است که برای شخصی رخ داده است، این وقایع تلخ در زندگی فردی به نام قادر مولان پور که بسیار رنج کشیده و اهل آذربایجان غربی بوده اتفاق افتاده است.

قادر که یک بنای ساختمانی است و معروف است به اوس قادر در روستای سردشت، روزی که قادر مشغول به کار بوده یک هواپیمای جنگی یک موشک شیمیایی که اضافه مهماتش بوده رو به خیال خودش در یک بیابان رها میکنه، اما قافل از اینکه اونجا روستای سردشت بوده و ساکن زیاد داشته و زن و بچه قادر و خیلی دیگه از ساکنین روستا در معرض این موشک شیمیایی قرار میگیرن و در ادامه می بینیم که…..